Het Duinenkerkje werd al in 1946 beschermd, het trapeziumvormige kerkhof met graspleintjes, treurbomen en sierstruiken in 1975. De doden die er begraven liggen behoren veelal tot gekende Mariakerkse families. Zo was Leopold Passchyn (in Mariakerke werd een straat naar hem genoemd) de laatste burgemeester van Mariakerke. Ook James Ensor ligt begraven op dit kerkhof bij zijn geliefde Duinenkerk, die hij op het einde van de 19de eeuw hielp vrijwaren van sloping. Jaarlijks vindt hier in april de Ensorherdenking plaats. In 1979 en 1981 werden het duin- en polderlandschap en de dichte omgeving van de kerk een beschermd landschap.